A mantenedora do Ruy Barbosa é a Comunidade Evangélica Luterana de Rio do Sul, a qual elege um Conselho Diretor para acompanhar as políticas educacionais da escola.

O Conselho Diretor será composto por 09 (nove) membros assim distribuídos: Presidente, Vice-Presidente, 1º secretário, 2º secretário, 03 (três) conselheiros e 02 (dois) membros natos, Presidente da Comunidade Evangélica de Rio do Sul e um dos Pastores da Paróquia de Rio do Sul – Pastor este indicado pelo presidente da Comunidade.

O Presidente da Comunidade Evangélica Luterana de Rio do Sul indicará o Presidente do Conselho Diretor do Colégio Sinodal Ruy Barbosa; que indicará então os demais Conselheiros. O mandato dos membros do Conselho Diretor é de 4 anos, podendo ser reconduzido à reeleição pelo mesmo período.

A Direção Executiva do Colégio é conduzida por um Diretor, escolhido pelo Conselho Diretor do Colégio, e que liderará as Equipes Pedagógica e Administrativa.